我國對於新冠疫情的防治措施已有成效，不過在中國以外地區情況卻不容樂觀，“鑽石公主”號郵輪的疫情已成中國以外最大疫情。當世界把關注目光投向中國以及日本之時，此前疫情相對穩定的韓國情況卻突然惡化，新增確診人數連續3天翻番。

        據韓國中央防疫對策本部通報，21日16時至22日16時，韓國新增確診病例229個，累計確診433例。其中，大部分新增患者出現在大邱和慶尚北道地區，主要是受大邱出現“超級傳播者”和慶北地區醫院內的集體感染事件影響。韓國官方稱，已將疫情嚴重的大邱和慶北地區作為傳染病特別管理地區。

        新冠疫情已經影響了世界多個國家並在中國以外的幾個國家迅速蔓延，而我們尚不知曉此次疫情的始發地是哪裏。盡管此前人們認為新冠病毒(SARS-CoV-2)源自華南海鮮市場，但是前幾天中國科學院科技論文預發布平台 ChinaXiv 的一項新研究報告卻明確地推翻了這一說法，並指出可能早在11月下旬已經出現病毒人傳人現象。

        這項報告由中科院西雙版納熱帶植物園鬱文彬教授以及華南農大和北京腦科中心的科研人員合作完成。研究人員從GISAID EpiFluTM數據庫的共享數據中獲取了2020年2月12日以前來自4大洲12個國家的93個新冠病毒完整基因並對其進行了分析，從而探索病毒自發現以來的演化和傳播信息。

        SARS-CoV-2並未發生變異。SARS-CoV-2的基因組包含140個可變位點，編碼區包含120個替換位點，被分類為58個單倍型(單倍體基因型)。研究人員使用90個SARS-CoV-2基因組估算DNA替換率，發現SARS-CoV-2低於SARS-CoV和MERS-CoV，表明SARS-CoV-2仍在經曆穩定地進化，而沒有和其他病毒重組導致較大範圍的突變。

        使用Arlequin軟件進行錯配分布分析發現，SARS-CoV-2進行了兩次種群擴張。計算擴張的時間為28.72天(95%CI:12.29-54.36天)，而最新取樣日期是2020年2月3日，因此離這個日期最近的一次擴張發生在2020年1月6日。另外，對2020年1月6日前22個基因組的錯配分布分析顯示，在2019年12月8日也發生過種群擴張，當時隻有一名受感染的患者被正式報告。也就是說，12月前SARS-CoV-2已經在武漢發生人傳人，最早可能是從11月中下旬開始。

        研究人員提出，SARS-CoV-2的58個單倍型進化網絡是以bat-RaTG13-CoV為外群。演化關係顯示，單倍型H13和H38是比較“古老的”單倍型，通過一個中間載體mv1 (可能是祖先單倍型，也可能是來自中間宿主或“零號病人”)與蝙蝠冠狀病毒RaTG13關聯，並通過單倍型H3衍生出單倍型H1。然而，對該單倍型對應的病毒樣品進行溯源，發現華南海鮮市場的所有樣本均為H1單倍型或其衍生單倍型，表明這裏不是病毒的原始來源地，可能是由市場內的工人或銷售商從其他地方帶來了病毒。

        2020年1月24日，頂級國際期刊《柳葉刀》發布的一項對武漢最初 41 名新型冠狀病毒感染者的研究報告就提出，病毒起源地或許不是華南海鮮市場。最新的這項報告則通過基因組數據分析再次肯定了這一推測。

        在該報告的最後，研究人員認為，如果今後有更多的樣本進行測序，那麼武漢市部分感染患者的樣本中將會發現H13和H38這兩個祖先單倍型，這對於尋找SARS-CoV-2的原始來源至關重要。

        參考資料：

        [1] Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic data

        [2] 韓國今天這場麵…首爾市長慌了：趕緊回家

        [3] 華南海鮮市場不是新冠病毒發源地，11 月下旬可能存在人傳人：中科院團隊研究